南海争端中,各国对中国所谓法律意义上的"执法"有两种形式:一是抓扣我国渔民后在罚款的同时,没收船上通信设备和食品,一般不进入到刑事程序。越南一般采取这种"执法"方式。另一种方式是以相关刑事罪名予以抓捕,进入司法程序判刑,菲律宾在行政执法时常采取这种形式。
2004年1月10日,17名中国渔民于菲律宾巴拉望省附近海域从事捕捞作业时被逮捕。其中14名渔民被菲地方法院判处6年6个月零7天监禁,同时以非法捕捞罪被罚款10万美元并没收船只。2006年6月19日,菲律宾同样在巴拉望附近水域扣留了一艘中国渔船和8名中国渔民,8名中国渔民被控以非法入境、盗鱼和猎捕保护生物等罪名。