12月16日(日军占领第4天):位于南京安全区内的华侨招待所中躲避的中国男女难民5000余人被日军集体押往中山码头,双手反绑,排列成行。日军用机枪射杀后,弃尸于长江以毁尸灭迹。5000多人中仅白增荣、梁廷芳二人于中弹负伤后泅至对岸,得免于死。日军在四条巷屠杀400余人,在阴阳营屠杀100多人。
12月17日(日军占领第5天):中国平民3000余人被日军押至煤炭港下游江边集体射杀。在放生寺、慈幼院避难的400余中国难民被集体射杀。