外界对李河君的争议一直存在。2012年6月21日,国家审计署发布的一则名为“5044个能源节约利用、可再生能源和资源综合利用项目审计结果”的公告,其中便指出广东汉能光伏10兆瓦光伏发电项目单位存在多报建设规模和装机容量的现象,违规获得中央财政金太阳示范工程补助资金2637.25万元。
对此,汉能集团解释称,在项目实施过程中,受厂区屋顶安装、铺设等条件限制,广东汉能厂区实际完成了5.18MW,并已并网发电,其余的4.82MW容量建设地址变更至农夫山泉厂区。并于2012年12月将补贴资金2637.25万元退还给了河源市财政局。
在河源市,围绕着汉能集团旗下的黄田水电站还有一个悬而未决的损失赔偿事件。2008年1月13日,黄田水电站获国土资源局批准,2010年12月31日,该水电站成功并网发电,但随后却带来了缠绕黄田水电站西侧乌坭村和清溪村部分居民近四年的噩梦。
2010年5月6日,位于河源市东源县黄田镇乌坭村的桂山酒业有限公司,突然遭到来自于东侧的东江水倒灌,近3000平方米的酒厂全部淹没其中,旁边的养猪场和鱼塘亦被淹没。此后,桂山酒厂及旁边部分村落又三次遭到江水围困,最高水位达到五米,最低时也有一米多。