负责封锁挹江门的第36师没有接到允许部队撤退的命令,和从城内退往下关的部队发生冲突,很多人被打死或踩死。12日晚,唐生智与司令部成员乘坐事先保留的小火轮从下关煤炭港逃到江北,此后第74军一部约5000人以及第36师也从煤炭港乘船过江,第88师一部和第156师在下关乘自己控制的木船过江。逃到下关的中国守军已经失去建制,成为混乱的散兵,其中有些人自己扎筏过江,很多人淹死、或是被赶到的日军射杀在江中。大部分未能过江或者突围的中国士兵流散在南京街头,不少人放弃武器,换上便装躲入南京安全区。13日晨,日军攻入南京城。